Me paso que una vez terminado y puesto en producción a dicho server lo colocamos detrás de un proxy y cuando se me ocurrió correr una actualización de paquete con nuestro conocido apt-get no conectaba ni que me ponga a rezar frente de la pc. Hice y revise todo lo que pude en las configuraciones en el etc y nada, hasta que encontré la solución que es una pavada pero la verdad no lo sabía y les compartdo para que si alguien le pasa no pierda el tiempo que perdi yo hasta que lo hice funcionar.
Con solo editar el archivo apt.conf que se encuentra ubicado en el etc
$ nano /etc/apt/apt.conf
Dentro de este archivo agrega lo siguiente
Acquire::http::Proxy "http://IP:puerto/";
Si el archivo apt.conf no existe en la ubicación que indico debes crearlo previamente. Despues de guardar los cambios debes correr nuestro bien ponderado apt-get update y aleluya problema solucionado.