Recientemente me encontré que un ubuntu 12,04 que me reportaba un problema de sectores de mi disco. Podemos hacer una reparación de la siguiente forma, si el disco que queremos reparar es el que contiene el sistema operativo deberemos utilizar un live-cd para poder realizar la reparación, ya que necesitamos que el disco no esté montado, si es otro el caso podemos usar el siguiente comando en la consola.
$ sudo badblocks -s -v -n -f /dev/sda
Donde /dev/sda será el dispositivo que intentaremos reparar, para ver cual es el nuestro podemos utilizar el comando fdisk -l y comprobarlo. Ahora os explico en que consisten los argumentos utilizados.
-s muestra el proceso de la operación utilizando porcentajes.
-v nos indica el modo de escritura utilizado.
-n utiliza el modo no destructivo para recuperar sectores defectuosos e intentará recuperar la información.
-f fuerza la lectura/escritura en los dispositivos montados, esta opción es muy peligrosa, es recomendable no utilizarla. Únicamente sería segura utilizarla cuando tenemos el fichero /etc/mtab dañado y estamos seguros que el dispositivo está desmontado.
Fuente: Reparar discos duros con sectores defectuosos con Ubuntu 12.04