Los comandos que necesitamos son:
gconftool-2 --set /apps/nautilus/preferences/show_desktop --type bool 1
Para mostrar los iconos y,
gconftool-2 --set /apps/nautilus/preferences/show_desktop --type bool 0
para ocultarlos.
Si los ejecutamos sobre una consola de comandos, podremos comprobar su efecto. Realmente son comandos muy simples pues se encargan de poner a 0 o 1 la variable de gconf-editor correspondiente: /apps/nautilus/preferences/show_desktop
Para poder usarlos comodamente, yo me he creado dos lanzadores, uno para mostrar los iconos y el otro para ocultarlos:
Y los tengo como iconos en la barra de tareas:
Así con un simple click, oculto los iconos cuando me molesten y quiera centrarme en alguna tarea, o los vuelvo a mostrar. Seguramente en vez de usar lanzadores también puedan asignarse a una combinación de teclas, que al pulsar determinada combinación de teclas se ejecutara el comando para mostrar u ocultar los iconos, o también podría hacerse controlando los eventos del ratón (doble clic) sobre el escritorio, pero mis conocimientos ya están mas limitados en este sentido.
Si a alguien le sirve, aqui tambien dejo un shell script que hice y que sirve para alternar entre mostrar/ocultar los iconos si se ejecuta desde la consola: