Este problema surge de un esquema de arranque dual, donde los nombres de archivos creados bajo ese otro sistema, muestran incorrectamente los caracteres como acentos y demás. El problema es grave, ya que dichos archivos no se pueden copiar a otro sitio, dando un error de codificación no válida. Se puede cambiar el nombre a mano, pero si son muchos es un garrón.
Pero, para quienes usamos software libre siempre hay una solución al alcance de la mano. En este caso el paquete detox.
Esta utilidad cambia el nombre de los archivos para que sea más fácil trabajar con ellos. Elimina espacios y otras molestias. También traducirá o limpiará caracteres latinos-1 (ISO 8859-1) codificados en ASCII de 8 bits, caracteres Unicode codificados en UTF-8 y caracteres escapados CGI.
Ejemplo de uso:
detox -r -v /ruta/a/tus/archivos
-r Modo recursivo a subdirectorios
-v Mayor información acerca de qué archivos están siendo renombrados
-n Se puede utilizar para mostrar lo que se cambiaría sin modificar los archivos