Tras varios intentos fallidos dí con la sintaxis correcta:
ffmpeg -map 0:1 -map 0:2 -i videoOGG.ogg -b 163840 -s 512x288 -ar 44100 -pass 1 -passlogfile archivo.log videoFLV.flv
El primer flujo del formato OGG es alguna clase de basura y por ello es necesario mapear los que contienen datos: -map 0:1 -map 0:2
-i input: ruta/archivo de origen
-b bitrate: video bitrate en kbit/s (predeterminado 200 kb/s)
-s size: frame size. El formato es (predeterminado 160×128)
-ar sample rate: audio samplerate en Hz (predeterminado 44100 Hz)
-pass: cantidad de pasadas (1 o 2)
-passlogfile: estable el nombre del archivo log para codificación de dos pasadas
-ab bitrate: audio bitrate en kbit/s (predeterminado 64)