Si queremos que se muestre correctamente la transparencia en el panel o si cambiamos el tamaño de la barra y no queremos que se muestre mal el panel como en la imagen, la solución es:
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Solucionar transparencia y errores de visualizacion al cambiar el tamaño del panel en ubuntu 10.04 Lucid Lynx para los temas Ambiance y Radiance
Como root vamos a la carpeta /usr/share/themes y nos metemos dentro de la carpeta del theme (Ambiance o Radiance) que querramos modificar. Ahi dentro editamos el archivo gtkrc dentro de la carpeta gtkrc-2.0 y buscamos la siguiente linea:
bg_pixmap[NORMAL] = “panel_bg.png”
Le agregamos delante el caracter #, es decir la comentamos tal como:
# bg_pixmap[NORMAL] = “panel_bg.png”
Guardamos y listo. con esa modificación ya no se asocia la imagen “panel_bg.png” al panel, que es la culpable de que se muestre mal, cuando se cambia el tamaño, se elige la opcion de mostrar de manera transparente o se pone en disposición vertical.